黑龙江农业工程职业学院创建于1949年。1958年至1964年为黑龙江省农机化学院,从事了六年的本科教育工作。1980年学校被教育部确定为国家级重点中专:在1992年农业部办学水平评估中被评为A等一级。2001年3月8日学校被黑龙江省政府批准晋升为高等职业技术学院。2002年11月28日,经教育部和财政部审定,我院被批准为国家中央财政重点支持建设的全国33所示范性职业院校之一。2003年被农业部确定为首批“农业职业教育能力建设计划”试点院校。2003年12月被教育部、交通部、国防科工委等六部委确定为汽车运用与维修专业及数控技术应用专业领域技能型紧缺人才培养基地。2004年1月被黑龙江省教育厅批准为哈尔滨地区数控技术职业教育实训基地。